Il territorio dell'odierna Bardejov ha attirato coloni fin dall'età della Pietra. Il primo scritto che parla della città risale al 1240, quando i monaci di Bardejov si lamentarono con re Béla IV d'Ungheria riguardo ad una violazione di confine operata dalla vicina Prešov. In quel periodo era già stata eretta un'importante chiesa dedicata a Sant'Egidio. La città venne fortificata nel quattordicesimo secolo, e divenne un nodo commerciale con la Polonia. Oltre 50 corporazioni controllavano la fiorente economia. Bardejov si guadagnò lo status di città reale nel 1376, ed in seguito divenne libera città imperiale. L'età d'oro di Bardejov terminò nel sedicesimo secolo, quando molte guerre, pandemie ed altre catastrofi colpirono lo stato.