Nel XVII secolo la città fu devastata da numerosi incendi, saccheggi ed epidemie. Il XVIII secolo al contrario, portò alla città un pò di sollievo ed soprattutto prosperità economica. Nel 1776 Banská Bystrica divenne la sede della diocesi romano-cattolica e alla fine del secolo anche la sede del distretto della regione. Nel XIX secolo le case borghesi furono sopraelevate e le loro facciate furono ammodernate secondo i criteri dell'epoca. Un capitolo molto importante nella storia della città si è svolta durante la seconda guerra mondiale, quando Banská Bystrica divenne il centro della resistenza antifascista e il centro politico e militare dell'Insurrezione Nazionale Slovacca.