Dal cimitero si può quindi accedere alla Sinagoga PINKAS (Pinkasova synagòga), fondata nella seconda metà del XV secolo dall rabbino Pinkas e ampliata nel 1535 dal suo pronipote.

Durante i secoli l'edificio è stato più volte ricostruito e gli scavi hanno portato alla luce moltissime testimonianze della vita del ghetto durante il Medioevo, tra cui un bagno rituale. La sinagoga è oggi diventata un monumento agli Ebrei della Boemia e della Moravia uccisi dai nazisti, sui suoi muri all'interno sono scritti 77297 nomi, sono le vittime praghesi dell'olocausto.