La chiesa di San Tommaso venne fondata nel 1285 dagli Eremiti di Sant'Agostino e questo spiega i riferimenti costanti al Santo. La facciata della chiesa è una delle più spettacolari di Praga con una statua di Sant'Agostino sopra l'entrata e quella di San Tommaso nel portale sud. L'interno della chiesa è maestoso, con oro, affreschi, stucchi, capitelli. Le volte sono decorate con affreschi che rappresentano scene della vita di San'Agostino.